С начала 1905 года тюрьмы стали наполняться участниками первой русской революции. В их числе были члены Петербургского Совета рабочих депутатов. Накануне событий 9 января из представителей интеллигенции, учёных, писателей была составлена депутация, которая решила обратиться к министру внутренних дел и предотвратить кровопролитие. Среди делегатов был Горький. Делегаты не были приняты ни министром, ни председателем Совета министров - Витте.

9 января 1905 года Горький оказался свидетелем расстрела рабочих на Петроградской стороне. Возмущённый, он пишет воззвание ко всем русским гражданам, призывая к немедленной упорной борьбе с самодержавием. Воззвание Горького распространить не успели, рукопись нашли у него при обыске. 11 января Горький был арестован в Риге и заключён в камеру №60 тюрьмы Трубецкого бастиона, где, несмотря на болезнь, он был подвергнут общему режиму.

Ему было предъявлено обвинение в организации вымышленного революционного комитета и написании революционного воззвания. Больной туберкулёзом А.М. Горький тяжело переносил заключение в холодной сырой камере. Его здоровье быстро ухудшилось.

Под давлением общественного мнения, через 31 день после заключения Горький был освобождён под залог в 10 тыс. рублей и отправлен в Ригу, подальше от революционной столицы, под надзором полиции. Затем он получил разрешение на выезд за границу.

После поражения первой русской революции наступает период реакции, царское правительство жестоко расправляется с участниками революции. Тюрьма Трубецкого бастиона наполнилась новыми узниками. C 1906 года начали свою практику военно-полевые суды, созванные по инициативе Николая II. Николай II требовал, чтобы с момента ареста до исполнения приговора проходило не более 48 часов. Режим в тюрьме резко ухудшался. Широко применялось наказание карцером.

В годы первой мировой войны партия большевиков усилила свою деятельность в армии и на флоте. Камеры Трубецкого бастиона заполнились арестованными матросами - большевиками.